Lesaffre se fundó gracias a la amistad entre Louis Lesaffre y Louis Bonduelle. En 1853, ambos inauguraron la primera destilería de alcohol de grano y ginebra de la compañía en Marquette-lez-Lille, al norte de Francia. Posteriormente, adquirieron su primer molino en Marcq-en-Barœul.
Desde esta ubicación, la Société Industrielle Lesaffre creció, convirtiéndose gradualmente en el motor del crecimiento industrial y comercial del grupo en el sector de la levadura.